Los cafetales de sombra de México son sumamente importantes para la conservación de la biodiversidad mexicana y el bienestar socio-económico de una fracción considerable de la población del país. Sin embargo, estos agroecosistemas se enfrentan ciclos globales de sobreproducción y bajos precios cada vez más fuertes, los cuales están obligando a los caficultores a considerar la reconversión de sus cafetales a usos de suelo más intensivos y menos sustentables. Estos cambios tienen impactos negativos fuertes sobre la biodiversidad que se alberga en los cafetales y que se sabe es una proporción importante de la que se encuentra en los remanentes de bosque mesófilo de montaña (BMM), un ecosistema amenazado por su poca extensión y alta presión humana, así como la calidad de los servicios ambientales que proporcionan (secuestro de carbono, captación de agua, retención de suelo, etc.).

Se requiere mejorar el entendimiento de las relaciones entre la biodiversidad y productividad para ofrecer a los productores de café alternativas que aumenten sus ingresos y bajen sus costos de producción, y que impliquen el aprovechamiento de la biodiversidad de sus fincas y el manejo de las mismas con criterios de sustentabilidad. Para contribuir a ese fin, el proyecto Biocafé está evaluando la patrones de biodiversidad y los servicios ambientales a lo largo de un gradiente de intensificación del manejo de este cultivo representado por 18 fincas cafetaleras y 3 fragmentos de BMM en el centro del estado de Veracruz. Esta zona cafetalera es la segunda más importante del país y abarca 3 de las Regiones Terrestres Prioritarias (RTPs), 4 de las Regiones Hidrológicos Prioritarias (RHPs), y 2 de las Áreas de Importancia para la Conservación de las Aves (AICAs) de la CONABIO. Asimismo, está zona es considerando de alta prioridad para el desarrollo de esquemas de pago por servicios ambientales hidrológicos (PSAH) por parte de la Comision Nacional Forestal (CONFOR) y el Banco Mundial. Este proyecto arrancó a finales del 2003 y hasta la fecha cuenta con los siguientes productos: 2 libros, 23 capítulos de libro, 8 artículos internacionales arbitrados, 8 artículos nacionales, 3 artículos de divulgación, 24 tesis de licenciatura, 5 tesis de maestría, 2 de doctorado, 2 estancias post-doctorales, 50 presentaciones en congresos, 3 talleres con productores y un simposio nacional.